Palabras clave
Telómero
Cuarteto G (G4)
CompScore
Cómo citar
Resumen
En este estudio se encuentra detallada una combinación de herramientas computacionales de acoplamiento y cribado virtual, en 108 moléculas activas y 3620 señuelos para encontrar estabilizadores del cuarteto G (G4). Para tener resultados más precisos se aplicaron combinaciones de programas de acoplamiento con quince funciones de puntuación energética. La validación y evaluación de las métricas se realizó con el algoritmo genético CompScore. Los resultados evidenciaron un aumento en BEDROC y EF del 50% en comparación a otras estrategias, además de reflejar un reconocimiento temprano de moléculas activas. A partir de estos resultados es posible trabajar con las moléculas que presentaron un buen reconocimiento temprano y evaluar su efecto como estabilizadores de G4. De esta manera se garantiza resultados más eficientes y precisos en la etapa preclínica para el desarrollo de anticancerígenos.
Palabras Clave: Metricas de enriquecimiento; telomero; cuarteto G (G4); CompScore.
Citas
M. Porru, P. Zizza, M. Franceschin, C. Leonetti y A. Biroccio. «EMICORON: A multi-targeting G4 ligand with
a promising preclinical profile» 2017. Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects, 1861(5), 1362–1370. [En
línea]. Available: https://doi.org/10.1007/s00294-018-0836-6
K. Tomita. «How long does telomerase extend telomeres ? Regulation of telomerase release and telomere length homeostasis». Current Genetics, 64(6), 1177–1181. 2018. [En línea]. Available: https://doi.org/10.1016/j.bbagen. 2016.11.010
M. Jafri, S. Ansari, M. Alqahtani y J. Shay. «Roles of telomeres and telomerase in cancer, and advances in telomerase-targeted therapies. Genome Medicine., 2016. [En línea]. Available: https://doi.org/10.3390/ijms19020482
J. Huppert y S. Balasubramanian. «G-quadruplexes in promoters throughout the human genome». 35(2), 406–
2007. [En línea]. Available: https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2017.06.012
S. Joy, Vijayakumar, Y. M., & Sunhye, G. (2015). «Role of computer-aided drug design in modern drug discovery
». Archives of Pharmacal Research. 2015. [En línea]. Available: https://doi.org/10.1007/s12272-015-0640-5
S. Asamitsu, S. Obata, Z. Yu, T. Bando y H. Sugiyama. «Recent Progress of Targeted G-Quadruplex-Preferred
Ligands Toward Cancer Therapy». Molecules, 24(3), 429. 2019. [En línea]. Available: https://doi.org/10.3390/molecules24030429
R. Monsen y J. Trent. «Biochimie G-quadruplex virtual drug screening: A review». Biochimie, 152, 134–148.
[En línea]. Available: https://doi.org/10.1039/c9cc06748e
J. Beauvarlet, P. Bensadoun, E. Darbo, G. Labrunie, E. Richard, I. Draskovic, M. Djavaheri-mergny. «Modulation
of the ATM/autophagy pathway by G-quadruplex ligand tips the balance between senescence and apoptosis
in cancer cells». 1–18. 2019. [En línea]. Available: https://doi.org/10.1093/nar/gkz095
.Z. Crees, J. Girard, Z. Rios, G. Botting, K. Harrington y C. Shearrow. « Oligonucleotides and G-quadruplex
stabilizers: targeting telomeres and telomerase in cancer therapy».2014. [En línea]. Available: https://doi.org/10.2174/1381612820666140630100702
.M. Meier, A. Moya-Torres, N. Krahn, M. Mcdougall, L. Orriss, E. Mcrae, T. Patel. «Structure and hydrodynamics of a DNA G-quadruplex with a cytosine bulge». (May), 1–13. 2018. [En línea].Available: https://doi.org/10.1093/nar/gky307
.M. Ivancich, Z. Schrank, L. Wojdyla, B. Leviskas y A. Kuckovic. «Treating Cancer by Targeting
Telomeres and Telomerase». 2017. [En línea]. Available: https://doi.org/10.3390/antiox6010015
.J. Maciejowski y T. Lange. De. «Telomeres in cancer: tumor». Nature Publishing Group. 2017. [En línea]. Available: https://doi.org/10.1038/nrm.2016.171
.M. Zurek, J. Altschmied, S. Kohlgrüber, N. Ale-agha y J. Haendeler. «Role of Telomerase in the Cardiovascular System». (CVD), 1–11. 2016. [En línea]. Available: https://doi.org/10.3390/genes7060029
.G. Zhou, X. Liu, Y. Li, S. Xu y C. Ma. «Telomere targeting with a novel G-quadruplex-interactive ligand BRACO-19 induces T-loop disassembly and telomerase displacement in human glioblastoma cells». 7(12). 2016. [En línea]. Available: https://doi.org/10.18632/oncotarget.7808
H. Berman. (2000). The Protein Data Bank. Nucleic Acids Research, 28(1), 235–242. [En línea]. Available: https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235.
Cheminformatics Software, Molecular Modeling Software | OpenEye Scientific. Retrieved June 11, 2019, [En línea]. Available:https://www.eyesopen.com/.
OMEGA 3.1.1.2: OpenEye Scientific Software, Santa Fe, NM. [En línea]. Available: http://www.eyesopen.com
QUACPAC 2.0.1.2: OpenEye Scientific Software, Santa Fe, NM. [En línea]. Available: http://www.eyesopen.com
OEDOCKING 3.3.1.2: Software científico OpenEye, Santa Fe, NM. [En línea]. Available: http://www.eyesopen.com
Q. Li, J. Xiang, Q. Yang, H. Sun, A. Guan y Y. Tang. (2013). G4LDB: a database for discovering and studying G-quadruplex ligands. Nucleic Acids Research, 41(Database issue), D1115-23. [En línea]. Available: https://doi.org/10.1093/nar/gks1101
M. Mysinger, M. Carchia, J. Irwin y B. Shoichet. (2012). Directory of useful decoys, enhanced (DUD-E): Better ligands and decoys for better benchmarking. Journal of Medicinal Chemistry, 55(14), 6582–6594. [En línea]. Available:https://doi.org/10.1021/jm300687e
P. Lang, S. Brozell, S. Mukherjee, E. Pettersen, E. Meng, V. Thomas e I. Kuntz. (2009). DOCK 6: Combining techniques to model RNA – small molecule complexes. 1219–1230. [En línea]. Available: https://doi.org/10.1261/rna.1563609.HIV
J. Truchon y C.Bayly. (2007). Evaluating Virtual Screening Methods: Good and Bad Metrics for the “ Early Recognition ” Problem. 488–508. [En línea]. Available: https://doi.org/10.1021/ci600426e
D. Castillo-González, J. Mergny, A. De Rache, G. Pérez-Machado, M. Cabrera- Pérez, O. Nicolotti, M. Cruz-Monteagudo. (2015). Harmonization of QSAR Best Practices and Molecular Docking Provides an Efficient Virtual Screening Tool for Discovering New G-Quadruplex Ligands. Journal of Chemical Information and Modeling, 55(10), 2094–2110. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5b00415